Aunque aparentemente la cubierta está bien, la realidad es que sufre numerosas filtraciones de agua que agravan la pérdida pictórica de la bóveda del interior de la iglesia. Este fue uno de los aspectos más importantes para que las obras de la cubierta se incluyeran en esta fase de urgencia. Las filtraciones se deben al deterioro de las tejas y sobre todo a su colocación. Con el paso del tiempo muchas de las tejas que forman las canales se han fisurado o agrietado. Además, el solape entre ellas es muy deficiente. Al estar las canales muy separadas, las cobijas apenas solapan con estas lo que provoca que cualquier movimiento de las tejas o la lluvia con algo de viento hace que el agua encuentre fácilmente una vía para entrar en el edificio.
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